某日，小新（矢島晶子 配音）在河堤上撿到了一瓶神秘的液體,，把它帶回家放在了冰箱里,。哪知道美伢（楢橋美紀(jì) 配音）和廣志（藤原啟治 配音）在無意之中將其喝下，隔天竟然變異成為了動物,。　　之后,，一個神秘的環(huán)保組織SKBE擄走了小新一家人,，而為首的，竟然是雙葉里的里長四膳守（山寺宏一 配音）,。原來,，四膳首是一位激進(jìn)的環(huán)保主義著，妄圖通過一種神秘的藥物將破壞環(huán)境的人類全部都變成動物,，而小新?lián)斓降纳衩匾后w就是還尚處于測試階段的藥物,，四膳守準(zhǔn)備將美伢和廣志當(dāng)做實(shí)驗(yàn)對象進(jìn)行研究。在神秘女子維多利亞（后藤邑子 配音）的幫助下,，小新一行人成功出逃,，他們和春日部防衛(wèi)隊一起，決心破解四膳守的陰謀,。